В период ВОВ завод занимался строительством противотанковых рвов, укреплений, изготовлением топливной арматуры для танков. Одновременно продолжался выпуск санитарной техники автодушевых и колеснодушевых установок. Разрабатывался и осваивался выпуск пропиточных станков ПС, для пропитки белья специальным составом в санпропускниках и госпиталях ленинградского фронта, благодаря чему не было заболеваний тифом и другим заразными болезнями на фронте и блокированном Ленинграде.
По заданию Главного Санитарного Управления Красной Армии, завод освоил и организовал массовый выпуск передвижных санитарно-дегазационных установок (СДУ) конструкции полковника Рябова и дезинфекционных камер (ДКМ).
16 декабря 1943 года, приказом по народному комиссариату здравоохранения № 665, завод был переименован в завод № 4 «Дезоборудования».
В этом же году большая часть рабочих завода была награждена медалью «За оборону Ленинграда».